Основные особенности:

• Простой интуитивно-понятный интерфейс. Все особенности и элементы интерфейса проектировались с расчетом на то, чтобы пользователь немедленно приступил к работе.
• Слои. Как правило, только дорогие платные программы для работы с изображениями умеют работать со слоями. Paint.NET предоставляет эту возможность бесплатно.
• Мощные инструменты. Paint.NET имеет мощные, но простые инструменты для работы с векторной графикой, выделения (волшебная палочка), клонирования изображений, а также простой текстовый редактор, инструменты для масштабирования (от 1% до 3200%) и замены цвета.
• Неограниченная история. Для исправления возможных ошибок допущенных в процессе редактирования фотографий или рисунков в программе Paint.NET предусмотрена функция истории. Каждое ваше действие может быть удалено и потом возобновлено опять. Длинная истории ограничивается только доступным дисковым пространством.
• Специальные эффекты. Paint.NET содержит множество специальных эффектов для улучшения изображений. Кроме стандартных, знакомых нам по аналогичным платным программам, присутствующий также уникальный эффект - 3D вращение. Как обычно присутствуют и такие незаменимые функции как яркость изображения, контраст, оттенок, насыщенность и т.п.
• Плагины. Для графического редактора Paint.NET разработано множество плагинов, обогащающих возможности программы или просто добавляют новые спецэффекты.

Изменения в версии 3.5.11: