События фильма развиваются в 2183 году. Главный герой – капитан Шепард отправляется в область археологических изысканий на одной из колоний землян. Ему приказано доставить найденный там артефакт. Одновременно на находку претендуют геты – представители искусственно созданной расы. Но Шепарду удалось предотвратить разрушительные последствия атаки гетов. Капитану мерещится апокалипсис, но суть видений ему пока недоступна. Шепард отправляется на поиски агента Совета Цитадели Сарена Артериуса. Известно, что он имеет отношение к нападению на колонию. Шепард вступает в ряды СПЕКТРов и должен обезвредить Сарена.
Далее становится ясно, что Артериус вступил в союз с гетами и теперь способствует возвращению Жнецов. Эта древняя раса угрожает всей Галактике. Значит перед Шепардом стоит задача спасения мира.